Publications of Leander Dony

Dony, L.; Krontira, A. C.; Kaspar, L.; Ahmad, R.; Demirel , I. S.; Grochowicz, M.; Schafer, T.; Begum, F.; Sportelli, V.; Raimundo, C. et al.; Ködel, M.; Labeur, M.; Cappello, S.; Theis fabian, F. J.; Cruceanu, C.; Binder, E. B.: Chronic exposure to glucocorticoids amplifies inhibitory neuron cell fate during human neurodevelopment in organoids. Science advances 11 (7), p. eadn8631 - eadn8631 (2025)

He, Z.; Dony, L.; Fleck, J. S.; Szalata, A.; Li, K. X.; Sliskovic, I.; Lin, H.-C.; Santel, M.; Atamian, A.; Quadrato, G. et al.; Sun, J.; Pasca, S. P.; Amin, N. D.; Kelley, K. W.; Bertucci, T.; Temple, S.; Bowles, K. R.; Caporale, N.; Villa, E.; Testa, G.; Cruceanu, C.; Binder, E. B.; Camp, J. G.; Theis, F. J.; Treutlein, B.: An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids. NATURE 635 (8039), pp. 690 - 698 (2024)

Krontira, A. C.; Cruceanu, C.; Dony, L.; Kyrousi, C.; Link, M.-H.; Rek, N.; Pöhlchen, D.; Raimundo, C.; Penner-Goeke, S.; Schowe, A. et al.; Czamara, D.; Lahti-Pulkkinen, M.; Sammallahti, S.; Wolford, E.; Heinonen, K.; Roeh, S.; Sportelli, V.; Woelfel, B.; Koedel, M.; Sauer, S.; Rex-Haffner, M.; Raikkonen, K.; Labeur, M.; Cappello, S.; Binder, E. B.: Human cortical neurogenesis is altered via glucocorticoid-mediated regulation of ZBTB16 expression. NEURON 112 (9), pp. 1426 - 1443.e11 (2024)

Sikkema, L.; Ramirez-Suastegui, C.; Strobl, D. C.; Gillett, T. E.; Zappia, L.; Madissoon, E.; Markov, N. S.; Zaragosi, L.-E.; Ji, Y.; Ansari, M. et al.; Arguel, M.-J.; Apperloo, L.; Banchero, M.; Becavin, C.; Berg, M.; Chichelnitskiy, E.; Chung, M.-i.; Collin, A.; Gay, A. C. A.; Gote-Schniering, J.; Kashani, B. H.; Inecik, K.; Jain, M.; Kapellos, T. S.; Kole, T. M.; Leroy, S.; Mayr, C. H.; Oliver, A. J.; von Papen, M.; Peter, L.; Taylor, C. J.; Walzthoeni, T.; Xu, C.; Bui, L. T.; De Donno, C.; Dony, L.; Faiz, A.; Guo, M.; Gutierrez, A. J.; Heumos, L.; Huang, N.; Ibarra, I. L.; Jackson, N. D.; Murthy, P. K. L.; Lotfollahi, M.; Tabib, T.; Talavera-Lopez, C.; Travaglini, K. J.; Wilbrey-Clark, A.; Worlock, K. B.; Yoshida, M.; van den Berge, M.; Bosse, Y.; Desai, T. J.; Eickelberg, O.; Kaminski, N.; Krasnow, M. A.; Lafyatis, R.; Nikolic, M. Z.; Powell, J. E.; Rajagopal, J.; Rojas, M.; Rozenblatt-Rosen, O.; Seibold, M. A.; Sheppard, D.; Shepherd, D. P.; Sin, D. D.; Timens, W.; Tsankov, A. M.; Whitsett, J.; Xu, Y.; Banovich, N. E.; Barbry, P.; Duong, T. E.; Falk, C. S.; Meyer, K. B.; Kropski, J. A.; Pe'er, D.; Schiller, H. B.; Tata, P. R.; Schultze, J. L.; Teichmann, S. A.; Misharin V, A.; Nawijn, M. C.; Luecken, M. D.; Theis, F. J.; Chen, Y.; Hagood, J. S.; Agami, A.; Horvath, P.; Lundeberg, J.; Marquette, C.-H.; Pryhuber, G.; Samakovlis, C.; Sun, X.; Ware, L. B.; Zhang, K.: An integrated cell atlas of the lung in health and disease. NATURE MEDICINE 29 (6), pp. 1563 - 1577 (2023)

Cruceanu, C.; Dony, L.; Krontira, A. C.; Fischer, D. S.; Roeh, S.; Di Giaimo, R.; Kyrousi, C.; Kaspar, L.; Arloth, J.; Czamara, D. et al.; Gerstner, N.; Martinelli, S.; Wehner, S.; Breen, M. S.; Koedel, M.; Sauer, S.; Sportelli, V.; Rex-Haffner, M.; Cappello, S.; Theis, F. J.; Binder, E. B.: Cell-Type-Specific Impact of Glucocorticoid Receptor Activation on the Developing Brain: A Cerebral Organoid Study. AMERICAN JOURNAL OF PSYCHIATRY 179 (5), pp. 375 - 387 (2022)

Foo, M.; Dony, L.; He, F.: Data-driven dynamical modelling of a pathogen-infected plant gene regulatory network: A comparative analysis. BIOSYSTEMS 219, 104732 (2022)

Fischer, D. S.; Dony, L.; Konig, M.; Moeed, A.; Zappia, L.; Heumos, L.; Tritschler, S.; Holmberg, O.; Aliee, H.; Theis, F. J.: Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics. GENOME BIOLOGY 22 (1), 248 (2021)

Bastidas-Ponce, A.; Tritschler, S.; Dony, L.; Scheibner, K.; Tarquis-Medina, M.; Salinno, C.; Schirge, S.; Burtscher, I.; Boettcher, A.; Theis, F. J. et al.; Lickert, H.; Bakhti, M.: Comprehensive single cell mRNA profiling reveals a detailed roadmap for pancreatic endocrinogenesis. SI 146 (12), dev173849 (2019)

Cruceanu, C.; Dony, L.; Kontira, A. C.; Fischer, D.; Roeh, S.; Di Giaimo, R.; Cappello, S.; Theis, F.; Binder, E. B.: Brain organoids as models of the developing human brain: deciphering the molecular signature of prenatal stress. EUROPEAN NEUROPSYCHOPHARMACOLOGY 29, pp. S7 - S8 (2019)

Dony, L.; He, F.; Stumpf, M. P. H.: Parametric and non-parametric gradient matching for network inference: a comparison. BMC BIOINFORMATICS 20, 52 (2019)